Nhánh tư pháp bao gồm Toà án Tối cao, Toà án Hiến pháp, Toà phúc thẩm khu vực, và các tòa án địa phương, quận, huyện, thành phố và tòa án chuyên môn. Tất cả các tòa án đều thuộc thẩm quyền của cơ quan tư pháp quốc gia; các tòa án địa phương độc lập không được thừa nhận. Các thẩm phán trong toàn hệ thống đều phải thông qua một hệ thống đào tạo khắt khe bao gồm một chương trình hai năm và hai năm học việc. Tất cả các hoạt động đào tạo tư pháp được cung cấp thông qua Viện Nghiên cứu và Đào tạo Tư pháp, và chỉ giới hạn cho những người đã vượt qua kỳ thi Lý luận Quốc gia.

Toà án Tối cao đứng đầu nhánh tư pháp của chính phủ và là tòa phúc thẩm cuối cùng cho tất cả các trường hợp theo luật Hàn Quốc. Tòa án Tối cao, đặt tại Seoul, bao gồm 14 thẩm phán, trong đó có một Chánh án. Chánh án Tòa án Tối cao có quyền hành trong toàn bộ hành chính của tòa án và có thể đề nghị pháp chế liên quan đến tòa án cho Quốc hội. Thẩm phán phải từ 40 tuổi trở lên và có ít nhất 15 năm kinh nghiệm thực hành luật. Họ phục vụ cho nhiệm kỳ sáu năm; Chánh án không thể được bổ nhiệm lại, nhưng các thẩm phán khác có thể.

Dưới Tòa án Tối cao có các tòa phúc thẩm, đặt tại 5 thành phố lớn. Các tòa phúc thẩm thường bao gồm một ban gồm ba thẩm phán. Bên dưới là các tòa án quận, nơi có tại hầu hết các thành phố lớn. Dưới đó là các tòa án chi nhánh và thị xã, được đặt trên toàn quốc và giới hạn trong các khiếu nại nhỏ và các vi phạm nhỏ. Các tòa án chuyên biệt cũng tồn tại cho các vụ án gia đình, hành chính và bằng sáng chế.

Toà án Hiến pháp, độc lập với Toà án Tối cao, chịu trách nhiệm hoàn toàn với việc xem xét Hiến pháp và với các quyết định buộc tội. Các vấn đề pháp lý khác được Tòa án Tối cao giám sát. Hệ thống này vừa mới được thành lập thời Đệ lục Cộng hòa, nhằm giúp bảo vệ chống lại sự vượt quyền như các chế độ cũ. Tòa án Hiến pháp bao gồm chín thẩm phán. Trong số này, ba người được đề nghị bởi Chánh án Tối cao, ba do Quốc hội, và ba bởi Tổng thống; tuy nhiên, tất cả đều phải do Tổng thống bổ nhiệm. Chủ tịch Toà án Hiến pháp do Chủ tịch Quốc hội bổ nhiệm, phải được Quốc hội thông qua. Các thành viên của tòa án phục vụ cho các nhiệm kỳ sáu năm, có thể tái nhiệm, và không được lớn hơn 65 tuổi (ngoại trừ Chủ tịch của tòa án có thể 70 tuổi).

Bởi vì Hiến pháp Hàn Quốc xác định lãnh thổ của Hàn Quốc là "bán đảo Triều Tiên và các hòn đảo lân cận", tòa án Hàn Quốc cho phép các đại diện của Triều Tiên xuất hiện tại các tòa án Hàn Quốc liên quan đến vấn đề thừa kế trong các trường hợp người Hàn Quốc đã chết với người thừa kế Triều Tiên. Các quỹ được ủy thác và chỉ giải tán khi có sự chấp thuận của chính phủ.[40]